淀粉散熱器的工作原理是通過離心運動將大塊或者為干燥徹底的淀粉回流回散熱腔底部重新干燥從而得到更好的干燥效果。熱空氣以很高的速度吹入散熱腔底部，從而對淀粉產生強烈的吹浮和粉碎效果，而淀粉通過與腔壁的劇烈摩擦碰撞形成微粒，從而使得干燥效果更佳充分。經過干燥后的淀粉碎氣流上升，排出淀粉散熱器，未被完全干燥的淀粉和大塊淀粉由于自重比較大又回落到散熱腔的底部重新進行干燥。
這種結構使得淀粉散熱器在淀粉的干燥過程中既可以充分加工，并且由于氣流很高，所以淀粉的流動速度快，保證了淀粉干燥的速度。由此可見，淀粉散熱器不止可以使淀粉得到充分干燥還可以保證干燥效率。